晚清编练新军，计划在全国编三十六镇（师），其中第十九镇建于云南。新军编练亟需新型军官，清政府为适应这一新形势的需要，作出统一的规定：“各省应于省垣设立讲武堂一处，为现带兵者研究武学之所。”。

云南于1899年设立陆军武备学堂，这是云南陆军讲武堂的前身。1908年（光绪三十四年），护理云贵总督兼云南藩台沈秉经向清廷奏准，筹办云南陆军讲武堂。校址设在昆明原明朝沐国公练兵处，占地7万余平方米。1909年9月26日，云南陆军讲武堂正式创立并开学，高尔登为首任总办（校长）。学堂开办之初，分步、骑、炮、工四个兵科，设甲、乙、丙三班。课程仿照日本士官学校加以调整而成，分为学科、术科两项。讲武堂聘用了一批国内武备学堂毕业生和日本士官学校中国留学生任教。1911年2月，蔡锷应云贵总督李经羲的邀请，到云南新军第十九镇第三十七协任协统，并兼任云南陆军讲武堂教官。1911年10月10日，辛亥革命胜利的消息使云南的革命党人深受鼓舞，蔡锷、李根源等几次举行秘密会议，决定10月30日晚在昆明发动起义，并推举蔡锷为起义军总司令，李根源为副司令。是晚，以讲武堂学生为骨干的起义军向总督署等要地发动攻击，经过10多个小时的激烈战斗，起义军占领昆明，即通电全省、全国成立中华军都督府。辛亥云南起义的成功，推翻了清朝在云南的统治，支援了武昌起义，推动了辛亥革命在全国范围的胜利。辛亥革命后，云南都督蔡锷将军下令将云南陆军讲武堂改为云南陆军讲武学校。以云南讲武堂师生为骨干组建的滇军，在护国、护法战争中战绩辉煌，故学校声誉日隆，威名远扬。邻省甚至邻国许多有志青年纷纷来昆明报考求学。据不完全统计，从第十一期至第十七期，朝鲜、越南来留学的青年达200余名。1924年，孙中山在广州创办黄埔军校，云南陆军讲武堂应邀援助建校，首批派出教官刘耀扬、叶剑英、林振雄、王柏龄、帅崇兴等人前往任教，分别担任步、骑、炮、工兵四大兵种科长，同时派出一批带枪械的教官协助办学。1928年，蒋介石明令各省不得办军官学校。1930年，龙云在讲武学校成立滇军教导团，龙自兼团长，除步、骑、炮、工四兵科外，增设宪兵、经理、交通三个区队以培养专业军官。教导团共办三期。1935年，云南陆军讲武堂被改编为“中央陆军军官学校昆明分校”，由龙云兼主任。依照黄埔军校系列定为黄埔第十一、十四、十六、十七、十八、十九、二十期，培训各类学员近8000人。抗日战争结束后，1945年9月，第五分校奉令停办。